Le site de la haute vallée de la Seugne est essentiellement composé de cours d'eau de plaine associant des milieux variés : cours d'eau lents à nombreux méandres et ramifications isolants des îlots boisés, rivière rapide et eaux bien oxygénées, plans d'eau dont les étangs de Saint-maigrin, Allas Bocage et Soubran, boisements humides linéaires ou étendus, prairies inondables, cultures et peupleraies.
En tête de bassin versant, on trouve aussi des landes sèches et humides, et ponctuellement des zones para-tourbeuses.
Au total, ont été recensés au sein du site Natura 2000 :
- 15 habitats naturels d'intérêt communautaire, inscrits à l’Annexe I de la Directive Habitats
- 20 habitats d’espèces d’intérêt communautaire
- 20 espèces d'intérêt communautaire, inscrits à l'Annexe II de la Directive Habitats
La richesse de la biodiversité et des milieux naturels de cette vallée lui a valu sa reconnaissance et son inscription au sein du réseau Natura 2000.
En effet, la présence de certains milieux naturels et de certaines espèces faunistiques, étant rares, menacés, en voie de disparition, propre à un territoire, ont permit de classer la vallée de la Seugne en Natura 2000.